La chiesa di San Francesco fu costruita insieme al convento francescano nel 1405.La prima chiesa sorgeva nei pressi della Grotta dell’Annunziata, attaccata al lato occidentale del convento, in posizione opposta a quella attuale. Distrutta, insieme al convento, nel 1435 dall’esercito di Maometto II , fu riedificata l’anno successivo ad opera di San Bernardino da Siena. Nell’orto del convento si può visitare la grotta di San Bernardino, dove fino a pochi anni or sono sgorgava ancora l’acqua fatta stillare dal Santo dalla roccia. La chiesa fu distrutta e ricostruita nel 1440in seguito ad una violenta mareggiata,come ci informa il cronista P. G. Battista de Palo, e successivamente durante il grande saccheggio dei Turchi nel 1558.
Nell’arco di tutto il 1500 fu sia ampliato il convento che costruita la chiesa nella posizione attuale; i lavori terminarono nel 1590. La chiesa oggi non mostra più lo stile cinquecentesco della sua origine con la volta centrale sorretta da una travatura in legno. Infatti nella prima metà del 1700 essa subì una serie di trasformazioni che le diedero l’attuale assetto, dopo che era rimasta molto danneggiata da un catastrofico uragano nel 1631 e da una successiva mareggiata nel 1674. Ecco perché, nonostante l’origine rinascimentale, la chiesa si presenta oggi in uno stile settecentesco, di gusto tardo rococò, con larghi interventi dell’ottocento e del novecento.
L’abside è a pianta poligonale con l’evidenziazione di fasci di colonne angolari, il che lascia supporre la preesistenza di un’abside gotica trasformata appunto nel 1700. L’altare maggiore, costruito tra il 1517 e il 1570, mostra le numerose modifiche subite nel e il continuo adeguamento agli stili che si sono sovrapposti nel corso dei secoli. Di notevole interesse storico e artigianale è l’antico e monumentale coro, costruito sempre nel XVI secolo dall’artigiano Pietro Campanile di Scala.
Ai piedi dell’arco maggiore, a destra guardando l’altare, si osserva la cappella della Famiglia Staibano. La cappella sarebbe stata costruita nel 1511, data antecedente all’inizio dei lavori di costruzione della chiesa. Ciò farebbe supporre quindi che essa fosse appartenuta alla preesistente piccola chiesa della Madonna del Soccorso. Luigi Staibano, in disaccordo, invece fa risalire la cappella dei propri avi al 1522 e quindi in data posteriore all’inizio dei lavori. Questa cappella, in marmo finissimo, era ornata, fino al 1954, di una pala che rappresenta “La Deposizione”. La Tavola, attualmente in sagrestia, comprende due sportelli riuniti da una cornice in nero e oro su cui vi sono scene della deposizione di Ns. Signore dalla Croce. Il soggetto deriva da un disegno di Raffaello Sanzio e l’autore è quasi certamente Andrea Sabatini, meglio noto come Andrea da Salerno.
Al lato sinistro c’è in analogia e simmetria la cappella della Famiglia Mezzacapo, eretta nel 1530 ( 1522 secondo L. Staibano) e initolata allo Spirito Santo. La tela che la orna è di epoca successiva e appartiene alla Scuola Napoletana del 1700 e presenta una certa originalità perché si discosta dello stile dell’allora dominante Francesco De Mura, napoletano.
Come dice lo storico F. Cerasuoli “Dell’antichità sussistono in questa chiesa molti quadri di grande pregio”. Citeremo, per motivi di spazio, solo alcune delle opere presenti nella chiesa.