La chiesa Collegiata , anticamente era dedicata a San Michele Arcangelo, ed era una cappella all’interno della rocca, intitolata appunto a Sant’Angelo, che costituiva il fortilizio, munito di torrioni, del Baluardo di San Sebastiano. Esso era una fortificazione costituita da sei torri circolari collegate da una muraglia, nella quale si aprivano tre porte dal lato della marina per assicurare la città dalle invasioni dal mare.
In seguito i maioresi dedicarono la rocca e la chiesa a Santa Maria a Mare.
Assicurata una certa stabilità politica, tra il XIII e il XIV secolo, i maioresi cominciarono a demolire la rocca e ad ampliare la chiesa, diventata ormai Rettorìa.
Alla demolizione della rocca scamparono il torrione quadrangolare, che nel XIV secolo venne trasformato in campanile, ed una torre circolare, che ancora oggi si può ammirare nella parte centrale dell’attuale sacrestia.
Il 5 giugno del 1505, con bolla pontificia, il papa Giulio II elevò la chiesa da Rettorìa a Collegiata.
Nel 1529 la Collegiata fu arricchita con la costruzione del grandioso soffitto a cassettoni donato dal patrizio maiorese Erasmo De Ponte ed eseguito dall’artista Alessandro De Fulco.
La Chiesa, attraverso vari restauri ed ampliamenti ha raggiunto lo stato attuale per opera dell’architetto Pietro Valente nel 1835, che ideò il capovolgimento totale dell’orientamento della Chiesa e progettò un radicale rifacimento che doveva farle assumere l’imponente aspetto attuale, con le grandiose navate, l’ampio transetto , che le conferiscono un’impronta di magnificenza e di luminosità.
La pavimentazione fu eseguita nel 1880, ‘a devozione dei cittadini maioresi e dell’architetto Andrea d’Amato di Maiori che disegnò e diresse’, e presenta al centro, sotto la cupola principale, la decorazione dell’antico stemma della Città di Maiori.
Nel 1904 fu costruito, dalla rinomata ditta Zeno Fedeli di Foligno su commissione del Consiglio Comunale, il monumentale organo a conduzione pneumatica, restaurato nel 2003 in occasione della ricorrenza del primo centenario.
Nel 13 agosto 1973 la Chiesa fu elevata a Santuario Mariano.
Il 7 agosto del 2000, anno giubilare, è stato inaugurato il Museo di arte sacra intitolato al Canonico ‘Mons. Don Clemente Confalone’.
Il Santuario è stato decretato chiesa giubilare diocesana del 2000.