La Cripta venne probabilmente costruita alla fine del XVIII secolo.
Si distingue dalla sovrastante sagrestia, di cui ne riproduce le caratteristiche architettoniche, solo per la minore altezza delle volte. La pianta rettangolare tripartita presenta tre vani, di cui quello centrale ospita l’altare; lateralmente due ampie vetrine accolgono i preziosi paramenti che la Collegiata conserva.
La Cripta infatti è sede del museo di arte sacra dedicato a Don Clemente Confalone, che raccoglie importanti opere scultoree, argenterie, preziosi paramenti, pitture ed elementi di arti minori, che testimoniano l’importanza di questa Chiesa nei secoli.
Dal punto di vista architettonico c’è da sottolineare che le coperture sono state realizzate con volte a padiglione molto schiacciate e che l’illuminazione è garantita da due ampie finestre che affacciano verso il mare. L’altare, sormontato da una nicchia, che ospita il busto ligneo di San Cosma, custodisce al di sotto della mensa le spoglie di San Clemente Martire.
Opposto all’altare vi è il Coro con stalli lignei, creati per ospitare i canonici nei momenti di preghiera, ubicato in una struttura semicircolare, che conserva l’originale forma di una delle torri dell’antico castello medioevale.
Di gran rilievo è la decorazione centrale del pavimento in maiolica, con un grosso medaglione, che raffigura il ritrovamento della statua di Santa Maria a Mare.